1993 steigt der Sport-Club erstmals in die Bundesliga auf. Es folgen zwei Ab- und zwei Wiederaufstiege sowie eine Europapokalteilnahme. An der Außenlinie als Trainer steht 16 Jahre lang Volker Finke.
1990-1991
Nachdem der Sport-Club die Saison 1989/90 als 13. in der 2. Bundesliga beendet, wird Volker Finke zum 1. Juli 1991 Cheftrainer des SC Freiburg. Sein Co-Trainer wird Achim Sarstedt. Beide bleiben insgesamt 16 Jahre beim SC Freiburg. 1991 wird außerdem die Frauenfußball-Abteilung neu gegründet.
1992
In der nach der deutschen Wiedervereinigung zweigeteilten 2. Bundesliga wird der Sport-Club in der Qualifikationsrunde der Gruppe Süd Erster. Die anschließende Aufstiegsrunde beendet der SC Freiburg als Dritter.
1993
Die wieder eingleisige 2. Bundesliga geht mit 24 Mannschaften an den Start. Bereits im ersten Jahr wird der SC Freiburg Meister und steigt damit erstmals in die Bundesliga auf. Das Dreisamstadion erhält eine Flutlichtanlage. Die Osttribüne wird überdacht und um 1.580 Sitzplätze erweitert.
1994
Der Sport-Club sichert in einem dramatischen Saisonfinale beim MSV Duisburg am letzten Spieltag den Klassenerhalt (Platz 15). Fritz Keller wird dritter Vorsitzender des SC Freiburg. Im Oktober wird Jens Todt der erste deutsche Fußballnationalspieler aus den Reihen des SC Freiburg.
1995
Im zweiten Bundesligajahr wird der Sport-Club sensationell Dritter und qualifiziert sich damit für den UEFA-Pokal, wo er in der ersten Runde gegen Slavia Prag ausscheidet. Die Haupttribüne des Dreisamstadions wird auf 5000 Plätze erweitert, die Südtribüne neu errichtet (4.400 Steh- und 2.200 Sitzplätze), sodass das Dreisamstadion erstmals 22.500 Zuschauer fasst. Christian Streich wird Jugendtrainer beim SC Freiburg.
1996
Der SC Freiburg belegt in der Bundesliga den 11 Platz.
1997
Der SC Freiburg steigt als 17. aus der Bundesliga ab. Besser läuft es bei den SC-Frauen: Sie werden Meister in der Oberliga Südbaden. Die Fangemeinschaft (FG) als Dachorganisation der offiziellen SC-Fanclubs wird gegründet.
1998
Der Sport-Club wird Vizemeister in der 2. Bundesliga und schafft damit den sofortigen Wiederaufstieg. Auch die Frauenmannschaft steigt in die 1. Frauen-Bundesliga auf. Am 1. Juni wird Andreas Rettig erster Manager des SC Freiburg. Neu im Vereinsvorstand ist Schatzmeister Dr. Heinrich Breit.
1999
Der Sport-Club wird Zwölfter in der Bundesliga. Die Stehtribüne Nord wird auf 6000 überdachte Plätze ausgebaut. Die Gegengerade wird außerdem zu einer reinen Sitzplatztribüne für 7000 Fans umgebaut. Das Dreisamstadion erreicht damit sein jetziges Fassungsvermögen von 24.000 Plätzen.
2000
Im Oktober beginnt der Bau der Freiburger Fußballschule im Möslestadion. Die SC-Profis werden Zwölfter in der Bundesliga. Die SC-Frauen steigen aus der Bundesliga ab.
2001
Mit dem 6. Platz in der Bundesliga qualifiziert sich der SC Freiburg zum zweiten Mal für den UEFA-Pokal. Dort setzt sich der Sport-Club in der ersten Runde gegen Matador Puchov (Slowakei) und anschließend gegen den FC St. Gallen (Schweiz) durch und scheidet im Dezember in der dritten Runde gegen Feyenoord Rotterdem (Niederlande) aus. Die SC-Frauen steigen erneut in die Bundesliga auf. Im September wird die Freiburger Fußballschule feierlich eröffnet.
2002
Als Tabellen-Sechzehnter steigt der Sport-Club Freiburg zum zweiten Mal aus der Bundesliga ab. Im Mai wird Andreas Bornemann neuer Manager.
2003
Der SC Freiburg schafft als Meister der 2. Bundesliga zum zweiten Mal den direkten Wiederaufstieg in die Bundesliga. Für Trainer Volker Finke und Co-Trainer Achim Sarstedt ist es der dritte Aufstieg mit dem SC Freiburg ins deutsche Fußball-Oberhaus.
2004
Am Ende der neunten Bundesliga-Saison belegt der SC Freiburg den 13. Platz. Höhepunkt des Jahres ist aber das 100-jährige Vereinsjubiläum des SC Freiburg (30. Mai). Es wird unter dem Motto "Hundert Jahre 90 Minuten" gefeiert, unter anderem mit einem Spiel zwischen einem von den Fans gewählten Bundesliga-Dreamteam der vergangenen zehn Jahre gegen das damalige Profiteam des SC sowie einem Open-Air-Konzert von Herbert Grönemeyer vor 53.000 Besuchern auf der Neuen Messe Freiburg.
Als einer von vier neuen "Premium-Sponsoren" des SC Freiburg und im Rahmen eines großangelegten gemeinsamen Solarstromprojekts erwirbt das lokale Energieunternehmen badenova für fünf Jahre das Namensrecht am Dreisamstadion.
Der Förderverein Freiburger Fußballschule wird gegründet. Der SC hat damals noch etwas mehr als 1.000 Mitglieder.
2005
Die zehnte Saison in der ersten Bundesliga endet für den SC Freiburg mit dem dritten Abstieg in die 2. Bundesliga – nach einer Saison, in der der Sport-Club als Tabellenletzter nur 18 Punkte einsammeln konnte.
Auf der SC-Mitgliederversammlung rückt Martin Weimer als dritter Vizevorstand neu ins Präsidium des SC Freiburg auf und komplettiert das Gremium um Achim Stocker (Erster Vorsitzender), Fritz Keller und Schatzmeister Dr. Heinrich Breit, die allesamt in ihren Ämtern bestätigt werden. Cheftrainer Volker Finke ist ab diesem Zeitpunkt so lange ohne Unterbrechung Trainer bei einem deutschen Proficlub, wie bisher kein Trainer vor ihm.
Die Supporterscrew Freiburg e.V. als Zusammenschluss der aktiven Fanszene wird gegründet.
2006
Der SC Freiburg verpasst am Ende der Saison 2005/06 den erneuten direkten Wiederaufstieg in die Bundesliga. Der Sport-Club wird mit nur zwei Punkten Rückstand Vierter. Die A-Junioren des SC Freiburg unter Trainer Christian Streich gewinnen erstmals den DFB-Junioren-Vereinspokal.
Bei der FIFA WM 2006 in Deutschland nutzt die Nationalmannschaft der Niederlande das badenova-Stadion als Trainingsstätte.
2007
Der SC Freiburg spielt mit 41 Punkten die beste Rückrunde, die je ein Verein in der 2. Bundesliga absolviert hat. Am letzten Spieltag der Saison 2006/07 reicht es dennoch erneut nur für den vierten Platz. Der SC hat über 2.000 Mitglieder.
Nachdem der SC-Vorstand bereits im Dezember 2006 den Beschluss bekannt gegeben hatte, sich am Saisonende von Trainer Volker Finke zu trennen, ist der 2:0-Sieg gegen die TuS Koblenz nach 16 Jahren das letzte Spiel für den bisherigen Chefcoach auf der Bank des SC Freiburg. Mit Finke verlässt auch Co-Trainer Achim Sarstedt nach 16 Jahren den Verein. Auch Andreas Bornemann beendet seine Tätigkeit als SC-Manager. Sein Nachfolger als Sportdirektor wird Dirk Dufner. Neuer SC-Cheftrainer wird Robin Dutt, der bislang den Regionalligisten Stuttgarter Kickers trainiert hatte.
SC-Spielerin Melanie Behringer wird mit der deutschen Nationalmannschaft Ende September Weltmeister bei der WM in China.
Dem Sport-Club wird in einem Verbundsystem mit anderen lokalen (Sport-)Organisationen vom Deutschen Fußball-Bund (DFB) das Prädikat „Eliteschule des Fußballs“ verliehen.
